コメントにもありましたが、iTunes 9.1.1はJailbreak等との相性に問題があるかもしれないという事でiTunes 9.1.1環境でのiPhone 3GSの同期等を検証しました。

環境：Mac OS X 10.6.3、iTunes 9.1.1、iPhone 3GS(PwnageToolでJBした3.1.3)

以下時系列です。


iTunes 9.1.1環境でのiPhone 3GS各種実験開始
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iPhone 3GSをoption＋復元で4.0 beta 1選択でアップデート
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復元完了。iTunes 9.1.1に接続したまま電源OFF。電源ON。iTunesとの同期問題無し
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3.1.2 SHSHを使ってDFUモードから3.1.2にダウングレード
↓
irecoveryで3.1.2にダウングレード成功
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iTunes 9.1.1に接続したまま電源OFF。電源ON。iTunesとの同期問題無し
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PwnageTool 3.1.5にて3.1.3 JB開始
↓
payload成功。
↓
3.1.3 CFWを使ってアップデート開始
↓
3.1.3 JB完了
↓
iTunes 9.1.1に接続したまま電源OFF。電源ON。同期問題無し

以上、検証終了


以上にようにMac、iTunes 9.1.1、PwnageTool環境では同期、Jailbreak関連に問題は無いようです。

Window環境、blackra1n、sn0wbreeze等では問題があるかは検証しておりません。

尚、最終作業後、iTunesを9.1にダウングレードも成功しました。

現在のiTunesのバージョンは9.1.1です。

今後リリースされるかもしれないであろうspirit Jailbreakツールを使用する際は9.1.1で大丈夫なのかは定かではありません。